Tình tiết "Võ Mị Nương" mang thai được cho là một trong những tình tiết khiến khán giả truyền hình thấy khó chịu nhất trong toàn bộ tác phẩm. Theo nội dung kịch bản, ngay sau khi Hoàng đế Thế Dân chết, Mị Nương phát hiện ra cô mang thai con của Lý Thế Dân. Tuy nhiên, khi phát sóng trên truyền hình, tập 57 "Võ Tắc Thiên" khiến không ít người ngạc nhiên khi nhân vật Mị Nương nói: "Ta không thể cho ai biết đứa trẻ là con Trĩ Nô (hoàng tử)". Lý giải về vấn đề này, một số nguồn tin nhận định, ban đầu kịch bản có nội dung Mị Nương mang thai con hoàng đế Thế Dân, nhưng tổng cục phát thanh truyền hình cho rằng đây là nội dung xuyên tạc lịch sử, nên đã yêu cầu cắt bỏ và "ép uổng" một câu thoại rất không liên quan cho đoạn phim trên, chính là câu Mị Nương thừa nhận con là của Hoàng tử Lý Trị. Lịch sử cũng ghi nhận lại, Võ Tắc Thiên chưa từng mang thai với vua Lý Thế Dân, đứa con đầu của vị Hoàng đế này là với vị "hoàng tử bé". 

Việc xây dựng nhân vật Từ Hiền Phi ban đầu ngây thơ, trong sáng và hiền lành, nhưng sau đó trở nên mưu mô, thủ đoạn, cuối cùng bị giam vào cấm cung và treo cổ tự vẫn sau khi Hoàng đế băng hà cũng được cho là sai lịch sử. Từ Hiền Phi theo sử sách chép lại là một vị phi được vua rất mực sủng ái, bà nổi tiếng nhan sắc, đức độ và đóng góp nhiều nơi cung cấm. Sau khi vua băng hà, bà không chịu uống thuốc, ngày đêm đau khổ rồi qua đời. 

Nhân vật Vi Quý Phi được xây dựng là một người đàn bà nham hiểm, thủ đoạn chốn hậu cung. Vì nỗi đau không có con cái, bà ra sức chèn ép những người được vua sủng ái hay mang thai long tự. Trên thực tế, Vi Quý Phi là vị phi của Hoàng đế Lý Thế Dân, bà có với ông hai người con, một trai, một gái, và bà cũng qua đời ở tuổi 69 vì tuổi tác chứ không phải tự vẫn trong thiên lao như nội dung phim. 

Tình tiết Võ Mị Nương âm thầm rời cung, tìm đến chiến trường nơi Hoàng đế đánh trận được cho là một tình tiết hoang đường, xuyên tạc lịch sử, bởi theo quy định thời bấy giờ, các cung tần, mỹ nữ hậu cung tuyệt đối không được theo vua ra chiến trường. 

Một tình tiết khác cũng được nhận định là sai sự thật, đó là tình tiết Mị Nương vì muốn cứu Trĩ Nô khỏi lao xuống vực đã dùng dao găm đâm chết con ngựa Sư Tử Thông. Cảnh Sư Tử Thông nằm trên vũng máu be bét khiến không ít người phải rùng mình, tuy nhiên theo lịch sử ghi chép lại, vua Lý Thế Dân hỏi đám cung tần mỹ nữ làm thế nào để trị con ngựa hung hăng mà Tây Vực hiến tặng, Mị Nương khi đó đã đáp: "Dùng roi sắt đánh nó bắt khuất phục; nếu không chịu thì dùng búa sắt đánh vào đầu nó; còn nếu dùng búa sắt đánh vẫn không được thì dùng dao đâm chết nó đi". Vua bèn nói như thế là quá ác độc, bèn hạ lệnh không thuần ngựa nữa. 

"Võ Tắc Thiên bí sử" tái hiện rất nhiều cảnh tình cảm của vua Lý Thế Dân và Võ Mị Nương, tuy nhiên, hầu hết bị Tổng cục phát thanh, truyền hình cắt bỏ. Lý giải điều này, nhiều ý kiến cho rằng đó là việc làm đúng, bởi trong lịch sử, thời gian Mị Nương tiếp xúc với Hoàng đế rất ít, cô vào cung năm 14 tuổi nhưng không hề được vua sủng ái. 

Nhân vật Lý Mục, "mối tình đầu" của Võ Mị Nương được xây dựng khá ấn tượng trên màn ảnh, thậm chí vị này vào cung để tìm cách bảo vệ Mỵ Nương, thậm chí muốn cùng cô trốn ra ngoài, tránh xa cuộc sống đáng sợ nơi cung cấm. Nhưng trong lịch sử không hề ghi nhận nhân vật này.